Devido à forte correnteza e um clima muito instável, o trabalho de reflutuação do navio "Anne Karoline III" sofreu alguns atrasos. O trabalho segue, sob supervisão da Marinha do Brasil. No entanto, alguns procedimentos da etapa de verticalização terão de aguardar melhores condições para seguir. A operação começou no dia 21 de março. O naufrágio é visto como a maior tragédia fluvial da Amazônia e acabou colocando a Agência Nacional de Transportes Aquaviários (Antaq) para rever uma série de procedimentos e regulamentos na região que detém 95% dos transportes feitos pelas águas do país.
Verticalização é um processo de colocar a embarcação de volta à posição de navegação (deixar o navio "de pé"). Para isso, é necessário bombear para fora a água acumulada nos porões e retirar as cargas (uma das possíveis causas para o naufrágio foi o excesso de carga). Pelas estimativas da empresa contratada pelo governo amapaense, cujos trabalhos vêm sendo acompanhados pela Capitania dos Portos do Amapá, o trabalho já deveria ter sido concluído. Mas há uma série de fatores de risco não só para a segurança de quem está trabalhando na reflutuação, mas de poluição ambiental.
A Marinha e o Corpo de Bombeiros Militares esperam retomar as buscas por vítimas nesta quinta-feira (2), caso o clima e a correnteza permitam. Até agora, foram resgatadas 51 pessoas com vida e 34 corpos de vítimas mortas. Inicialmente, os responsáveis pela embarcação apontaram que só havia 60 pessoas no barco. Relatos de sobreviventes indicam ao menos 100 pessoas. A superlotação é, possivelmente, uma segunda causa para o naufrágio.
O navio "Anne Karoline III" saiu de Santana, no Amapá, no dia 28 de fevereiro. Deveria chegar a Santarém, no Pará, no início da manhã do dia 1º de março. O navio não tinha autorização para operar essa rota. Só que na madrugada do dia 29, a embarcação naufragou, próximo a uma reserva extrativista afastada e de difícil acesso, no Furo Grande de Aruãs. A área fica a mais de 130 quilômetros de Macapá, capital amapaense. Longe também do destino final. Se encontra a mais de 400 metros da margem mais próxima e a 12 metros de profundidade. O navio pesa mais de 200 toneladas.
Foi uma viagem cercada de irregularidades: falta de licença para operar a linha Santana - Santarém; transporte irregular de cargas; superlotação de passageiros; ausência de listagem de passageiros (o que dificulta as investigações e busca por corpos); e até o registro de abastecimento ilegal e perigoso de combustível. O vento estava bem forte no momento desse abastecimento, apontam os sobreviventes. Acredita-se que a soma de todos os fatores levaram ao naufrágio.
Muitas respostas só poderão ser dadas após a perícia feita na embarcação, algo que depende da conclusão da reflutuação. A Marinha da Brasil garante que está fazendo tudo para que o processo seja o mais rápido possível, mas dentro de todas as condições seguras. O comandante da embarcação está preso e dois oficiais da Marinha, que fizeram a inspeção do navio antes da partida, também são investigados. Partes do inquérito policial estão sob sigilo.